Достаточно часто случается что Индивидуальные предприниматели, приобретают товар в организациях, которые являются плательщиками НДС. И задаются вопросом, почему мы должны оплатить (выделить) НДС в платежном поручении, если мы ИП или ООО на УСН... Подробнее конечно со ссылками на нормативные документы Вы можете почитать в Справочно-правовом сервисе Контур.Норматив.
Но, если коротко, то:
Если Вам (не плательщикам НДС) выставили счёт с НДС, это означает что Ваш Поставщик работает на общей системе налогообложения и обязан в соответствии с НК РФ, продавать товары с НДС. Такой счёт необходимо оплатить с учётом выделенного налога. При заполнении платежного поручения, в поле - назначение платежа напишите «включая НДС 20%». В случае если Вы, не выделите сумму НДС указанную в счете, поставщик может вернуть платеж или потребовать отдельной оплаты НДС.
Да, можно оплатить раздельными платежными поручениями сумму без НДС, и сумму НДС.
При оплате счёта с НДС у вас (неплательщика НДС) дополнительной отчётности не возникает.